질의

대도시내 설립한지 5년이내 중과업종 법인이 대도시내 설립한지 5년이내 중과제외 업종법인을 흡수합병하여 중과제외 업종을 영위하기 위하여 신주발행 증자 등기 한 경우 중과대상인지 여부

회신

가. 지방세법 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있다. 다만,「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하며 제1호에서 대도시에서 법인의 설립[설립 후 대통령령으로 정하는 휴면법인(이하 이 항에서 "휴면법인"이라 한다)을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]과 지점 또는 분사무소의 설치에 관한 등기라고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제101조 제1항에서 법 제138조 제1항 각 호외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다고 규정하며 제14호에서「소프트웨어산업진흥법」제2조 제3호의 규정에 의한 소프트웨어사업 및 동법 제27조의 규정에 의하여 설립된 소프트웨어공제조합이 소프트웨어산업을 위하여 수행하는 사업이라고 규정하고 있으며, 제102조 제8항에서 법인이 제101조 제1항 각호에서 규정한 업종(이하 이조에서 "중과제외업종"이라 한다)과 중과대상업종을 겸업하는 경우로서 법 제138조 제1항의 등기에 따른 등록세의 과세표준이 구분되지 아니하는 경우 당해 법인에 대한 등록세는 직전사업년도(중과제외업종이 신설되는 경우에는 당해 사업연도)의 당해 법인의 총매출액에서 중과제외업종과 중과대상업종의 매출액이 차지하는 비율에 따라 안분하여 과세한다. 다만, 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 의한다고 규정하고 있음.

나. 귀 문의 경우 합병법인의 신주발행 증자등기가 피합병법인이 운영하던 중과배제 업종을 운영하기 위한 등기로 볼 수 있는지 여부 관련하여 대도시내에서 설립된지 5년이내의 법인이라고 하더라도 중과대상업종과 중과제외 업종을 겸업하는 경우에는 중과대상 업종에 대하여만 중과세 하도록 규정하고 있고(대법원2003두7293, 2004.9.24. 참조) 대도시내에서 설립된지 5년이내의 법인이 중과제외 업종을 영위하기 위하여 자본을 증가하여 중과제외업종을 양수한 경우 자본증자 등기는 중과대상에서 제외되므로(행심2007-307, 2004.10.27. 참조) 해당 합병법인은 중과제외 업종인 소프트웨어사업을 겸업하기 위하여 신주발행 증자하여 피합병법인을 포괄적으로 흡수합병 하는 경우라면 중과대상업종과 중과제외업종이 포함된 신주로 발행한 증자등기에 해당된다고 볼 수 있을 것임.

다. 아울러 증자 등기 대도시내 등록세 중과제외 범위와 관련하여 합병법인이 중과제외업종을 영위하기 위한 신주발행 증자를 하였다고 하더라도 합병 후 증자등기 당시 당해 법인이 중과업종과 중과제외업종을 모두 영위하는 경우라면 증자등기 당시 당해사업연도 중과업종 법인의 총매출액과 중과제외업종 법인의 총매출액의 합에서 중과제외업종 법인의 총매출액이 차지하는 비율만을 중과제외 대상으로 보는 것이 타당하다고 사료되나, 이에 해당되는지 여부는 과세권자가 사실관계 등을 사실조사하여 판단할 사항임.